诊所备案凭证的办理流程大致如下：
1.申请材料准备 ：按照相关规定，准备齐全的申请材料，包括诊所备案信息表、诊所房屋平面布局图、诊所用房产权证件或租赁使用合同、诊所法定代表人及主要负责人的有效身份证明和有关资格证书复印件、其他卫生技术人员名录及有效身份证明和资格证书复印件、诊所规章制度、诊所仪器设备清单、附设药房（柜）的药品种类清单等。
2.提交申请 ：将准备好的申请材料递交至所在地县级卫生健康行政部门或中医药主管部门。
3.审核与发证 ：县级卫生健康行政部门或中医药主管部门收到申请材料后，将对材料的完整性、真实性、合规性进行逐一审核。经审核合格后，当场发放诊所备案凭证。